Masalah, tantangan atau peluang Di Kota Baubau terdapat paradok bahwa alokasi dana untuk sektor pendidikan cukup besar namun angka putus sekolah masih cukup signifikan. Pada tahun 2010 alokasi anggaran pendidikan mencapai 33% (Rp 119 M) dari total belanja APBD Rp 363 M. Pada tahun 2011 alokasi naik menjadi 35% (Rp 149 M) dari total belanja APBD Rp 431 M. Menurut hasil kajian anggaran yang dilakukan Universitas Haluoleo, alokasi anggaran pendidikan Kota Baubau untuk pendidikan dasar jumlahnya paling besar jika dibandingkan dengan kabupaten/kota lainnya di provinsi Sultra, meski dari sisi persentase hanya masuk lima besar. Hal ini menunjukkan bahwa komitmen pemerintah Kota Baubau terhadap pendidikan cukup baik. Malah alokasi anggaran pendidikan jauh lebih tinggi dibandingkan alokasi minimal yang diatur dalam Undang-Undang Dasar yaitu 20%.

Persoalannya kendati alokasi anggaran cukup tinggi namun ternyata angka putus sekolah pada anak usia Sekolah Dasar (SD/MI) dan Sekolah Menengah Pertama (SMP/MTs) masih relatif tinggi. Jumlah anak umur sekolah yang putus sekolah tingkat SD/MI pada tahun 2011 di Kota Baubau sebesar 1801 orang dengan komposisi 768 anak perempuan dan 1033 anak laki-laki. Jumlah anak putus sekolah pada tingkat SMP/MTS di tahun 2011 sebesar 818 anak dimana 337 anak perempuan dan 481 anak laki-laki. 

Peta sebaran anak putus sekolah per kecamatan di bawah ini menunjukkan bahwa berlaku pada semua kecamatan. Dengan demikian jelaslah bahwa ada isu gender yang perlu ditelaah dan digunakan sebagai salah satu dasar dalam penyusunan perencanaan dan penganggaran. Penjelasan mengapa anggaran cukup tinggi namun angka putus sekolah masih tetap tinggi terjadi antara lain karena perencanaan dan penganggaran dilakukan tanpa didahului oleh analisa gender sehingga paradok bahwa alokasi dana untuk sektor pendidikan cukup besar namun angka putus sekolah masih cukup signifikan alokasi anggaran angka putus sekolah ketimpangan pemanfaatan hak pendidikan antara anak laki-laki dan anak perempuan fenomena isu gender yang ada tidak terbaca.